Realmente, se dan varios procesos complejos en el que intervienen varios grupos bacterianos, tanto anaerobias estrictas como facultativas, en el que, a través de una serie de etapas y en ausencia de oxígeno, se desemboca fundamentalmente en la formación de metano y dióxido de carbono. Cada etapa del proceso, que se describen a continuación, la llevan a cabo grupos distintos de bacterias, que han de estar en perfecto equilibrio.
Es la ruptura de moléculas grandes, solubles e insolubles, en moléculas de menor tamaño que pueden ser transportadas dentro de las células y metabolizadas. En este proceso no se produce el metano (CH4), y en la mayor parte de los casos supone una etapa que se desarrolla lentamente.
- Acidogénesis y Acetogénesis
Los productos finales de la hidrólisis son transformados en ácidos orgánicos de cadena corta, otros compuestos de bajo peso molecular, hidrógeno y dióxido de carbono. Estas bacterias son altamente resistentes a variaciones en las condiciones ambientales. Por ejemplo, aunque el pH óptimo para el desarrollo de su actividad metabólica es 5 – 6, los procesos anaerobios generalmente son conducidos a pH 7, y aun en estas condiciones su actividad metabólica no decae.
La formación de metano, siendo este el último producto de la digestión anaerobia, ocurre por dos grandes rutas: La primera de ellas, es la formación de metano y dióxido de carbono a partir de principal producto de la fermentación, el ácido acético. La reacción que se da es la siguiente:
CH3COOH → CH4 + CO2
Algunas bacterias metanogénicas son también capaces de usar el hidrógeno para reducir el dióxido de carbono a metano (metanogénicas hidrogenoclastas) según la reacción:
4H2 + CO2 → CH4 + 2H2O